Error: Failed to install ‘unknown package’ from URL:
(converted from warning) installation of package ‘dtw’ had non-zero exit status

特定版本R包下载及其报错

下载Seurat 2.×.×

首先查看版本信息：https://github.com/satijalab/seurat/releases

require(devtools)
install_version("Seurat",version = "2.3.3")

报错如下

Error: Failed to install 'unknown package' from URL:
(converted from warning) installation of package ‘dtw’ had non-zero exit status

显示R包dtw退出码非零，即不正常退出，思考再三，是不是因为这个Seurat依赖的R包没有存在并且下载不成功导致的呢？
尝试单独下载R包dtw

install.packages("dtw")

package ‘dtw’ successfully unpacked and MD5 sums checked
The downloaded binary packages are in ...

再次下载Seurat 2.×.×

require(devtools)
install_version("Seurat",version = "2.3.3")

再次得到报错信息

Error: Failed to install 'unknown package' from URL:
(converted from warning) installation of package ‘doSNOW’ had non-zero exit status

• 此次报错和上次类似，但变成另一个R包退出码非零，说明上次的排错思路可能是对的。
• 于是后面每次出现类似的报错就单独下载相应的R包，在尝试下载Seurat 2.3.3。

第N次得到报错信息

1. 用以下方法试图下载Seurat 2.3.3依赖的R包SDMTool

#方法1
install.packages("SDMTools")
#方法2
BiocManager::install("SDMTools")
#方法3
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("SDMTools")

2. 遗憾的是，报错了，报错信息都是以下内容

😭你时常感概，国内的网怎么老是不能通向世界呢😭

package ‘SDMTools’ is not available (for R version 3.5.2)

1. 所以只好手动下载SDMTools,手动安装

• 首先登陆CRAN官网，点击进入Download R for Windows（这个视不同系统而定）

  

• 点击contrib

  

• 点击相应的R版本，进入R包界面，ctrl+F搜索所需要的R包，下载到本地

  

• 进入Rstudio,点击Tools,点击install packages…或者直接点击environment下的install

  然后点击install即可

当你再次下载Seurat 2.3.3时，遇上第N+1次报错

当你解决了上诉报错问题后，你还会收到各种各样的报错，比如缺少这个包，缺少那个包。你就当体验一次手动解决R包之间的依赖关系好了。直到不再提示缺少什么R包。

再再再次次次下载Seurat 2.3.3

require(devtools)
install_version("Seurat",version = "2.3.3")

成功！！！

加载Seurat并查看相关信息

library(Seurat)
sessionInfo()