NGS数据分析之表观

NGS数据分析之表观中的一些注意事项

一、参考基因组及注释文件的准备

以果蝇为例

(1)下载果蝇参考基因组

打开谷歌(用谷歌用谷歌)，输入：drosophila_melanogaster ftp ensembl

点击红色箭头所指方向进入正确的下载网页（这个需要自己悟，总是要多试的）

①

②

(2)下载参考基因组索引

打开谷歌，输入：drosophila_melanogaster ftp hisat2

点击红色箭头所指方向进入正确的下载网页（这个需要自己悟，总是要多试的）

①

②

总结：参考基因组下载方式很多，版本也不唯一，重要的是知道自己需要那个版本，这一点需要悟……就参考基因组索引而言，不同比对软件需要的索引文件不一样，可以自己构建，也可以网页下载，推荐按直接下载。