NGS数据分析之表观

NGS数据分析之表观中的一些注意事项

一、参考基因组及注释文件的准备

以果蝇为例

(1)下载果蝇参考基因组

打开谷歌(用谷歌用谷歌),输入:drosophila_melanogaster ftp ensembl

点击红色箭头所指方向进入正确的下载网页(这个需要自己悟,总是要多试的)



(2)下载参考基因组索引

打开谷歌,输入:drosophila_melanogaster ftp hisat2

点击红色箭头所指方向进入正确的下载网页(这个需要自己悟,总是要多试的)



总结:参考基因组下载方式很多,版本也不唯一,重要的是知道自己需要那个版本,这一点需要悟……就参考基因组索引而言,不同比对软件需要的索引文件不一样,可以自己构建,也可以网页下载,推荐按直接下载。