特定版本R包下载及其报错

Error: Failed to install ‘unknown package’ from URL:
(converted from warning) installation of package ‘dtw’ had non-zero exit status

特定版本R包下载及其报错

下载Seurat 2.×.×

首先查看版本信息:https://github.com/satijalab/seurat/releases

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require(devtools)
install_version("Seurat",version = "2.3.3")

报错如下

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Error: Failed to install 'unknown package' from URL:
(converted from warning) installation of package ‘dtw’ had non-zero exit status

显示R包dtw退出码非零,即不正常退出,思考再三,是不是因为这个Seurat依赖的R包没有存在并且下载不成功导致的呢?
尝试单独下载R包dtw

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install.packages("dtw")
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package ‘dtw’ successfully unpacked and MD5 sums checked
The downloaded binary packages are in ...

再次下载Seurat 2.×.×

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require(devtools)
install_version("Seurat",version = "2.3.3")

再次得到报错信息

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Error: Failed to install 'unknown package' from URL:
(converted from warning) installation of package ‘doSNOW’ had non-zero exit status
  • 此次报错和上次类似,但变成另一个R包退出码非零,说明上次的排错思路可能是对的。
  • 于是后面每次出现类似的报错就单独下载相应的R包,在尝试下载Seurat 2.3.3。

第N次得到报错信息

  1. 用以下方法试图下载Seurat 2.3.3依赖的R包SDMTool
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#方法1
install.packages("SDMTools")
#方法2
BiocManager::install("SDMTools")
#方法3
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("SDMTools")
  1. 遗憾的是,报错了,报错信息都是以下内容

😭你时常感概,国内的网怎么老是不能通向世界呢😭

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package ‘SDMTools’ is not available (for R version 3.5.2)
  1. 所以只好手动下载SDMTools,手动安装
  • 首先登陆CRAN官网,点击进入Download R for Windows(这个视不同系统而定)

  • 点击contrib

  • 点击相应的R版本,进入R包界面,ctrl+F搜索所需要的R包,下载到本地

  • 进入Rstudio,点击Tools,点击install packages…或者直接点击environment下的install

    然后点击install即可

当你再次下载Seurat 2.3.3时,遇上第N+1次报错

当你解决了上诉报错问题后,你还会收到各种各样的报错,比如缺少这个包,缺少那个包。你就当体验一次手动解决R包之间的依赖关系好了。直到不再提示缺少什么R包。

再再再次次次下载Seurat 2.3.3

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require(devtools)
install_version("Seurat",version = "2.3.3")

成功!!!

加载Seurat并查看相关信息

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library(Seurat)
sessionInfo()